Lorsque la Révolution éclata et que certains réclamèrent l’expulsion des sœurs, l’évêque constitutionnel, Saurine, se prononça énergiquement pour leur maintien. 

Après la suppression des ordres religieux, les sœurs de St Vincent de Paul changèrent leur nom en celui de dames de la Charité et continuèrent avec le même dévouement le service des pauvres. Le 3 octobre 1793, les religieuses eurent à choisir : prêter serment à la Constitution ou être expulsées ? Toutes refusèrent de jurer. Les services qu’elles rendaient aux pauvres et aux malades de la ville étaient tels qu’on n’osa pas tout d’abord demander leur renvoi. La Terreur cependant, s’était installée à Dax : la maison des Capucins et celle des Carmes avaient été transformées en prison. 

A la fin de l’année, Sœur Marguerite fut accusée d’avoir « par son incivisme, cherché à corrompre et à ralentir l’esprit révolutionnaire et républicain » (des militaires en traitement à l’hôpital) et fut envoyée à la maison de réclusion des Carmes. Le 8 avril, la commission extraordinaire fit comparaître la religieuse, ainsi que le père Jean Eutrope de Lannelongue, curé de Gaube et prêtre réfractaire. Tous deux furent guillotinés le lendemain. Marguerite chanta le Magnificat dans sa marche vers l’échafaud, repoussa le bourreau en disant« Aucun homme ne m’a jamais touchée » puis ôta elle-même son mouchoir de tête et ses fichus de cou. 

Un an plus tard, le directoire du district déclarait : « La commune de Dax regrettera longtemps cette femme vertueuse qui, par caractère tenant à son opinion religieuse, a été inhumainement sacrifiée sur des motifs dont la preuve reste encore à acquérir ». 

Le 9 avril 1905, date anniversaire de son exécution, un acte civil solennel de réparation fut adressé pour la respectable victime.